機會性感染是由一些通常不影響健康成年人的微生物所引起，可能導致免疫力存在缺陷的人（如愛滋病毒感染者）患病。一般來說，CD4淋巴數量越少，遭受各種機會性感染的機會就越高。一般沒有可用於預防機會性感染的疫苗，但在某些情況下可以處方預防性藥物。對愛滋病毒感染者來說，抗逆轉錄病毒治療是恢復免能力和防止機會性感染復發的最佳方法。
肺囊蟲肺炎
愛滋病毒感染者首遇最常見的機會性真菌感染，發生時提醒患者免疫力已經出現缺陷。肺炎是常見的症狀。CD4數量經過抗逆轉錄病毒治療後改善，染病的風險隨之降低。
治療：抗微生物藥物治療；可能需要類固醇。
醫學預防：如果CD4數低於200/μL，可使用複方Co-trimoxazole (Septrin）進行預防
結核病
結核病是香港常見的呼吸道傳染病。愛滋病毒感染者的免疫缺陷，會導致出現非典型結核症狀。由於免疫防禦能力差，較大機會發生再激活疾病。
治療：治療涉及長時間混合使用多種抗生素。
醫學預防：為了防止再激活疾病，潛伏感染者需要接受長達9個月的抗生素療程。潛伏感染一般通過皮膚測試或稱為IGRA的特殊血液測試診斷。
真菌感染
全身性真菌感染在健康成年人中並不常見，但卻會為愛滋病毒感染者帶來嚴重疾病。香港常見的真菌感染有Talaromyces、念珠菌、隱球菌等。它們的出現表明身體免疫力嚴重受創，而原因可能是病者的愛滋病毒感延遲診斷或未接受抗逆轉錄病毒治療所致。
治療：抗真菌藥物治療。
醫學預防：病者完成療程後可能需要繼續抗真菌治療，以防止復發。
非結核分枝桿菌感染
這情況在具有正常免疫能力的人中並不常見。像真菌感染一樣，它的出現表明免疫力差。
治療：需要長時間進行抗分枝桿菌治療。
醫學預防：儘早開始接受抗逆轉錄病毒治療是預防此病發生的最佳策略。
鉅細胞病毒感染
在健康人群中這是一種輕度的病毒感染，但在愛滋病毒感染者中可能導致失明的嚴重疾病。
治療：需要針對鉅細胞病毒的抗病毒治療。
醫學預防：可能需要服用抗病毒藥物以防止復發。
弓形蟲
弓形蟲是一種單細胞原生動物，當一個人的CD4計數低於50/μL時，弓形蟲可以引起腦部疾病。這種生物的常見來源包括貓或鳥，未煮熟的肉
治療：抗微生物藥物治療。
醫學預防：預防肺囊蟲肺炎藥一般可以有效預防弓形蟲病
JC病毒
JC病毒會導致稱為進展性多灶性白質腦病（PML）的複雜腦部疾病
治療：治療十分困難。
醫學預防：現時沒有可使用的疫苗或預防藥。